多數肽溶於無菌蒸溜水。初次溶解時，要注意使初始濃度比要求濃度大，如果多肽僅有限溶解性， 這便允許加入其它溶解劑或緩沖鹽。
　　如果多肽在水中的溶解性有限，有幾種選擇可幫助溶解：
　　對堿性肽用稀乙酸（含Arg , Lys , His）
　　酸性肽用稀氨水（含Asp, Glu）
　　對極疏水的肽用10%有機修飾物（Acetonitnile , Methanol）
　　極不溶的肽用DM50或DMF
　　guanicline hydrochloride或脲的濃溶液也很有用， 與上述方法合用， 聲處理也是溶解多肽的有效手段。