多肽具廣泛的溶解性。多肽不溶的主要問題是形成二級結構。除瞭最太肽外，這點都會發生， 在有多重疏水殘基的肽中更顯著。鹽會促進二級結構形成。我們建議先在無菌蒸餾水或去離子中溶解多肽。如需要增加溶解率， 可用聲處理。溶解仍有問題， 加少量稀乙酸（10%）或氨水，會便於溶解。
　　要長期保存多肽， 最好冷凍幹燥，冷幹粉可在-20℃或更低存放幾年而很少或無降解。溶液中的多肽遠不穩定。 多肽易受細菌降解，應用無菌純化水溶解。
　　含有Met, Cgs或Try殘基的多肽溶液由於氧化，壽命有限。應溶於無氧溶劑， 爲防止重複凍融的破壞， 建議溶解過量的肽的便實驗，其餘多肽以固體形成保存。