1、確定抗體的用途（應用）新開展一個研究項目，弄清楚所感興趣的蛋白的一些基本特性是很有必要的，特别是如果知道蛋白的結構會對選擇抗體易於接觸和識别的識别區域有很大的幫助。然而，在沒有這樣精確的結構信息（多數是這種情況）的情況下，瞭解研究的用途（應用）會影響多肽設計的策略。例如：如果研究重點是集中在蛋白的不同區域，如C端或N端，或在一種特定狀态下的蛋白，如磷酸化等，那麽按照所需序列設計的多肽和産生的相應的抗體在應用上應該沒有太大的困難，然而，蛋白的構象将影響抗體與其識别區域之間的相互作用。這種情況下可能存在的問題是如果在折疊的蛋白中，該識别區域被藏在蛋白的内部，抗體将無法接觸到該區域。（無法産生相互作用）。

2、識别區域的選擇原則一般說來理想的抗原性識别區域應具備(bèi)親水、位於(yú)蛋白表面和結構上易變形性等特點。因爲在大多數的天然（自然）環境中，親水區域傾向於(yú)集中在蛋白表面，而疏水區域常常被包裹在蛋白内部，同樣道理，抗體隻能與在蛋白表面發現的識别區域相互作用，而當這些識别區域有足夠的結構易變形性而轉移到抗體可接觸的位置時，将會與抗體間有很高的親和性。

3、連續的與不連續的識别區域連續的區域是指由連續的氨基酸序列（殘(cán)基）構成的識别區域。大多數抗體是針對連續識别區域的，抗體能與這類區域以很高的親和力相結合表明這段序列不在蛋白内部。不連續的識别區域是代表有一定折疊的一段多肽序列，或是将兩段分離開的多肽連在一起的抗體的識别區域。在某些情況下，針對這樣不連續識别區域的抗體也能産生，隻是用來免疫的抗原多肽必須具備(bèi)與該不連續識别區域相似的二級結構，而序列的長度需要符合相關的要求。

4、多肽合成基本建議爲瞭(le)避免識别區域隐藏在蛋白内部的風險，我們通常建議選擇蛋白的N，C兩端來産(chǎn)生的相應的抗體。因爲在完整的蛋白中，N，C兩端通常是暴露在蛋白表面的。然而，一定要注意膜蛋白的C端疏水性太強，不适合作爲抗原。

5、序列的長度通常我們建議抗原多肽的序列長度在8-20個氨基酸殘(cán)基之間，如果太短，就有多肽太特殊、所産(chǎn)生的抗體與天然蛋白之間的親和力（結合能力）不夠強的風險，同樣，如果序列長度超過20，将有可能引入二級結構，所産(chǎn)生的抗體失去特異性的可能，而且肽鏈越長，通常合成難度增大，不易獲得高純度的産(chǎn)品。

6、載體蛋白交聯的選擇

基本原則：将載體蛋白加在遠離(lí)抗體識别區域的一端，在序列中沒有Cys的情況(kuàng)下在N或C端加上Cys爲交聯的首選方法。

7、常用分析軟(ruǎn)件MacVecfor TM ；DNA star TM；PC-Gene TM。

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