多肽的不穩定性是其制劑研究中存在的主要問題之一，其原因較多。但對某一個多肽來說引起不穩定的主要原因並不多。詳細研究外界條件(如PH、溫度、光照、氧濃度等)對多肽穩定性的影響有助於設計合理的制劑配方。盡管添加劑穩定多肽的機制還不十分清楚，使用添加劑仍是目前提高多肽制劑穩定性的主要手段之一。應用CD、DSC等分析手段可幫助快速篩選道合适的添加劑。

引起多肽不穩定的原因

1. 脫酰胺反應 在脫酰反應中，Asn/Gln 殘(cán)基水解形成Asp/Glu。非酶催化的脫酰胺反應的進行。在Asn-Gly-結構中的酰胺基團更易水解，位於(yú)分子表面的酰胺基團也比分子内部的酰胺基團易水解。

2. 氧化多肽溶液易氧化的主要原因有兩種，一是溶液中有過氧化物的污染，二是多肽的自發氧化。在所有的氨基酸殘(cán)基中，Met、Cys和His、Trp、Tyr等最易氧化。氧分壓、溫度和緩沖(chōng)溶液對氧化也都有影響。

3. 水解 多肽中的肽鍵易水解斷(duàn)裂。由Asp參(cān)與形成的肽鍵比其它肽鍵更易斷(duàn)裂，尤其是Asp-Pro和Asp-Gly 肽鍵。 

4. 形成錯(cuò)誤的二硫鍵 二硫鍵之間或二硫鍵與巯基之間發生交換可形成錯(cuò)誤的二硫鍵，導緻三級結構改變(biàn)和活性喪失。

6. β-消除 β-消除是指氨基酸殘(cán)基中β碳原子上基團的消除。Cys、Ser、Thr、Phe、Tyr 等殘(cán)基都可通過β-消除降解。在堿性PH下易發生β-消除，溫度和金屬離子對(duì)其也有影響。

7. 變(biàn)性、吸附、聚集或沉澱變(biàn)性一般都與三級結構以及二級結構的破壞有關。在變(biàn)性狀态，多肽往往更易發生化學反應，活性難以恢複。在多肽變(biàn)性過程中，首先形成中間體。通常中間體的溶解度低，易於(yú)聚集，形成聚集體，進而形成肉眼可見的沉澱。

蛋白質的表面吸附是其貯存、使用過(guò)程中遇到的另一個(gè)令人頭痛的問題，如riL-2在進行曲灌注時會吸附在管道表面，造成活性損失。