很多化學反應和方法被開發來合成多肽鏈，經典的方法有：液相多肽合成(LPPS)，反應在溶液中進行，使用被保護的氨基酸，每一次偶聯和去保護後需要從溶液中分離。

固相多肽合成(SPPS)在不能溶解的聚脂上合成多肽鏈，從而簡化瞭(le)合成過程。每一次去保護後被保護的氨基酸被一個一個的添加到樹脂上不需要中間的分離步驟。在樹脂上合成瞭(le)需要的長度後，将多肽切割下來並(bìng)通過色譜層析純化。對於生産特定的多肽也有可能混合使用液相合成和固相合成這兩種方法。

顯而易見的是，對於(yú)高純度藥物應用短鏈多肽(<15個氨基酸)用液相合成更經濟，所以通常用液相多肽合成的方法大規模的合成這種多肽。盡管液相多肽合成需要很多步驟，液相比固相多肽合成技術能夠更經濟的生産産品規模比較大的多肽。然而由於(yú)工藝的複雜性，液相合成並(bìng)不是長肽的可行性選擇。

在過去十年，固相合成成爲大多數多肽的首選。有兩種方法：Boc法和Fmoc法，後者由於(yú)其工藝簡單(dān)以及可避免氟化氫的毒害而越來越流行。

在多肽合成中運用正交保護基團爲固相多肽合成技術開發瞭(le)合成複雜多肽的新方法。固相多肽合成可以使用不同類型的聚苯乙烯基料樹脂，最常用的是Wang樹脂、氯代二苯基甲烷(2-Chlorotrityl chloride)、Rink amide樹脂和菲爾德樹脂。Fmoc-保護氨基酸廣泛應用於(yú)商業合成。

可以結合固相合成和液相合成的方法合成長(zhǎng)的複雜的多肽。例如，通過液相合成合成一些短的片段，然後将它們連接到固相樹脂上形成更長(zhǎng)的肽。另外一種情況則是，多肽片段可以在固相樹脂上合成，然後從(cóng)樹脂上切割下被保護的多肽片段，最後在液相中連接各個受保護片段。