從氨基酸的側(cè)鏈結構看，可以分爲三大類：不含極性側(cè)鏈的中性殘(cán)基、含側(cè)鏈羧基的酸性殘(cán)基及含氨基、胍基或咪唑環的堿性殘(cán)基。他們各自的酸堿性與其等電點相關

當肽鏈中含有的Asp及Glu殘基數多於Lys、Arg及His的殘基數時，該肽爲酸性肽。反之爲堿性肽。尤其是分子量很大的多肽化合物酸堿性的存在不但直接影響其水溶性及分離純化的條件（如等電點沉澱法、電泳法等），而且存在由離子鍵介導的三級結構，因而對其生物活性也産生影響。