多肽合成需要考慮多肽的長度，電荷，親疏水性等因素。長度越長，合成粗品的純度和産率都随著降低，純化的難度和無法合成的幾率就會大些。當然多肽功能區的序列是無法改變的，但是爲瞭多肽的順利合成，有時不得不在功能取的上下遊增加一些輔助氨基酸，以改善多肽的溶解性和親疏水性。如果多肽太短，合成也可能有問題，主要問題是合成的多肽在後處理過程中有一定的難度，5肽以下的多肽，一般要有疏水的氨基酸，否則後處理難度加大。15個氨基酸殘基以下的多肽一般都可以得到滿意的産率和得率。