抗原多肽選擇的基本原則

1. 盡可能是在蛋白表面

2、保證(zhèng)該(gāi)段序列不形成α-helix

3、N,C端的肽段比中間(jiān)的肽段更好

4、避免蛋白内部重複(fù)或接近重複(fù)段的序列

5、避免同源性太強的肽段

6、交聯可以交聯在N、C兩端，選擇依據就是交聯在對(duì)産(chǎn)生抗體不太重要的一端

7、序列中不能有太多的Pro,但有一兩個Pro有好處(chù)，可以使肽鏈結構相對穩定一些，對産(chǎn)生特異性抗體有益。 

爲瞭(le)使生産抗體獲得最佳效果，仔細地設計抗原多肽是很有必要的，設計應滿足一個基本條件：在免疫過程中，該抗原既不會産生過強的免疫反應，同時又能産生出對感興趣的蛋白有結合能力的抗體。盡管抗原設計是一個很複雜的課題，有諸多需要注意的細節，根據我們所積累的經驗，有幾點關鍵的基本設計原則可以提供給大家參(cān)考：

1、確定抗體的用途

新開展一個研究項目，弄清楚所感興趣的蛋白的一些基本特性是很有必要的，特别是如果知道蛋白的結構會對選擇抗體易於(yú)接觸和識别的識别區域有很大的幫助。然而，在沒有這樣精確的結構信息（多數是這種情況）的情況下，瞭(le)解研究的用途會影響多肽設計的策略。例如：如果研究重點是集中在蛋白的不同區域，如C端或N端，或在一種特定狀态下的蛋白，如磷酸化等，那麽按照所需序列設計的多肽和産生的相應的抗體在應用上應該沒有太大的困難，然而，蛋白的構象将影響抗體與其識别區域之間的相互作用。這種情況下可能存在的問題是如果在折疊的蛋白中，該識别區域被藏在蛋白的内部，抗體将無法接觸到該區域。（無法産生相互作用）。

2、識别區域的選擇原則

一般說來最理想的抗原性識别區域應具備(bèi)親水、位於(yú)蛋白表面和結構上易變形性等特點。因爲在大多數的天然環境中，親水區域傾向於(yú)集中在蛋白表面，而疏水區域常常被包裹在蛋白内部，同樣道理，抗體隻能與在蛋白表面發現的識别區域相互作用，而當這些識别區域有足夠的結構易變形性而轉移到抗體可接觸的位置時，将會與抗體間有很高的親和性。

3、連(lián)續的與不連(lián)續的識别區(qū)域

連續的區域是指由連續的氨基酸序列構成的識别區域。大多數抗體是針對連續識别區域的，抗體能與這類區域以很高的親和力相結合表明這段序列不在蛋白内部。不連續的識别區域是代表有一定折疊的一段多肽序列，或是将兩段分離開的多肽連在一起的抗體的識别區域。在某些情況下，針對這樣不連續識别區域的抗體也能産(chǎn)生，隻是用來免疫的抗原多肽必須具備(bèi)與該不連續識别區域相似的二級結構，而序列的長度需要符合相關的要求。

4、基本建議

爲瞭(le)避免識别區域隐藏在蛋白内部的風險，我們通常建議選擇蛋白的N，C兩端來産(chǎn)生的相應的抗體。因爲在完整的蛋白中，N，C兩端通常是暴露在蛋白表面的。然而，一定要注意膜蛋白的C端疏水性太強，不适合作爲抗原。

5、序列的長度

通常我們建議抗原多肽的序列長度在8-20個氨基酸殘(cán)基之間，如果太短，就有多肽太特殊、所産(chǎn)生的抗體與天然蛋白之間的親和力（結合能力）不夠強的風險，同樣，如果序列長度超過20，将有可能引入二級結構，所産(chǎn)生的抗體失去特異性的可能，而且肽鏈越長，通常合成難度增大，不易獲得高純度的産(chǎn)品。

6、載體蛋白交聯的選擇

基本原則：将載體蛋白加在遠離(lí)抗體識别區域的一端，在序列中沒有Cys的情況(kuàng)下在N或C端加上Cys爲交聯的首選方法。

7、常用分析軟件

MacVecfor TM ;DAN star TM;PC-Gene TM